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如果拦截的短信被自动删除了，可以尝试以下几种方法来恢复或处理。
1、检查短信应用或拦截软件的设置：有些应用或软件在拦截短信后会有选项可以选择是否自动删除，检查相关应用的设置，确保没有开启自动删除功能。
2、检查手机回收站或垃圾箱：部分手机在删除短信后，会将其移至回收站或垃圾箱，可以在那里找到并恢复。
3、使用数据恢复软件：如果短信已经被彻底删除，可以尝试使用数据恢复软件来找回，这类软件可以扫描手机存储空间，尝试找回被删除的数据，但请注意，使用此类软件时，一定要选择可信赖的软件，避免下载恶意程序。
4、联系运营商：如果以上方法都无法找回短信，可以联系手机运营商，向他们寻求帮助，他们可能能够帮你找回被拦截的短信。
5、预防措施：为了避免未来再次发生类似情况，建议定期检查短信拦截设置，确保不会误删重要信息。
这些方法并不一定都能成功恢复被删除的短信，但可以尝试以上方法来尽可能地找回信息，也要做好备份重要信息的习惯，以防类似情况再次发生。